細菌和放線菌適合的生存環境為中性或微偏堿性，而真菌喜酸性，在糞便等有機廢棄物進行發酵時，里邊的細菌和真菌分解消化有機物時釋放的是一些有機酸，有機酸在糞便等有機廢棄物不斷發酵時會形成有機酸的累計從而使得發酵物料PH值降低。這時的PH環境適于真菌的繁殖，分解，適宜于發酵物料中木質，纖維的降解，隨著有機酸被發酵菌的進一步降解，發酵物料的PH值慢慢的開始升高，適宜的PH環境使得放線菌和真菌開始大量繁殖，分解，發酵腐熟速度開始加快。
       PH值過低，主要受水分過大或物料過細的影響，這時糞便等有機廢棄物發酵就容易變成厭氧狀態，在變成厭氧狀態時，有機酸的累計可使PH值降低到4.5以內，這是堆肥內部發酵菌活動嚴重被影響，停止活動進入休眠或死亡。這時就需要用糞便翻堆機對物料翻堆供氧，翻堆后物料相對之前透氣，氧含量充足，氧含量充足可使糞便等有機廢棄物的PH環境恢復到正常值范圍。
       PH值過高，很多發酵菌活性降低不怎么進行物料的分解和繁殖，如果高于11.5發酵菌就開始大量死亡，使得發酵物料內部蛋白質變性，酶蛋白失活等，從而影響發酵周期，影響有機肥質量。
       但常見的發酵原料PH值不需要進行調節，不需要進行PH調節的有：養殖場糞便，污水處理廠污泥，秸稈，草炭，蘑菇渣等，這里講解一下正常堆肥發酵環境的PH值為5-9，如果糞便發酵時PH高于9就需要對PH值進行調節可以添加氯化鐵，明礬，強酸或堆肥返料進行調節，若是PH值低于4通常可以添加石灰，草炭灰等進行調節，適當對糞便發酵時PH值調節可影響發酵環境，利于發酵菌的生長，繁殖和分解，縮短了發酵周期增強了發酵物料發教成有機肥的質量，品質。